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1 核酸質(zhì)控是分子實(shí)驗(yàn)的基礎(chǔ)!
對(duì)于分子實(shí)驗(yàn)室的科研人員來(lái)說(shuō),核酸的質(zhì)量直接影響下游實(shí)驗(yàn)的成功與否。毫無(wú)疑問(wèn),濃度高、純度高、片段完整的核酸,是實(shí)驗(yàn)室人員理想的核酸樣品。從組織、細(xì)胞、微生物等來(lái)源純化并富集目標(biāo)核酸,在進(jìn)一步處理核酸樣本前,應(yīng)先對(duì)核酸濃度、純度、以及核酸片段完整性進(jìn)行質(zhì)控。測(cè)量濃度是為了符合下游實(shí)驗(yàn)的樣本需求量;檢測(cè)純度是為了確定樣本中是否具有其他核酸、蛋白或化學(xué)物質(zhì)的污染;片段完整性則是評(píng)判樣本是否有降解的關(guān)鍵點(diǎn)。
2 如何質(zhì)控核酸濃度和純度?
EzDrop 1000超微量分光光度計(jì),可提供核酸(DNA/RNA)濃度和純度的質(zhì)控。僅需3秒鐘即可快速完成樣本濃度及純度的檢測(cè)。EzDrop 1000動(dòng)態(tài)可檢測(cè)波長(zhǎng)范圍可達(dá)190-1000nm,同時(shí)樣品基座具有納米疏水涂層,以確保獲得高精準(zhǔn)度結(jié)果。EzDrop 1000擁有直觀的操作觸摸屏,操作快速簡(jiǎn)單,幫助客戶(hù)輕松完成樣本質(zhì)控。
EzDrop 1000超微量分光光度計(jì)
EzDrop 1000檢測(cè)主界面
DNA/RNA濃度質(zhì)控 對(duì)于濃度測(cè)定,只需在EzDrop 1000主界面上選擇“Nucleic Acid”按鈕,數(shù)據(jù)清零之后,往載物臺(tái)上滴加1-2ul樣本,3秒鐘之后儀器便會(huì)給出樣本的濃度數(shù)值,載物臺(tái)LED輔助燈以及納米疏水涂層的設(shè)計(jì),更加確保結(jié)果的準(zhǔn)確性。
EzDrop 1000 載物臺(tái)
LED輔助燈設(shè)計(jì)
EzEzDrop 1000 載物臺(tái)
納米疏水涂層設(shè)計(jì)
DNA純度質(zhì)控 標(biāo)準(zhǔn)方法是超微量分光光度計(jì)(光吸收)法,通過(guò)A260/230和A260/280的比值來(lái)判定DNA的純度。當(dāng)樣品DNA的A260/A280為1.8-2.0時(shí),認(rèn)為已達(dá)到所要求的純度。在樣品中含有蛋白質(zhì)或苯酚等雜質(zhì)時(shí),會(huì)使A260/A280的比值發(fā)生改變。如果A260/A280<1.6,說(shuō)明有蛋白質(zhì)或酚等污染。如果A260/A280>2,說(shuō)明RNA沒(méi)有除干凈或DNA已變性。
RNA純度質(zhì)控 標(biāo)準(zhǔn)方法是超微量分光光度計(jì)(光吸收)法,通過(guò)A260/230和A260/280的比值來(lái)判定RNA的純度。通常A260/280的比值范圍在1.8-2.0之間,如果A260/280>2.0則說(shuō)明RNA已經(jīng)降解,如果A260/280<1.8則說(shuō)明含有蛋白質(zhì)或其他雜質(zhì);而A260/230<2,則表明RNA中含有酚類(lèi),鹽等雜質(zhì)。
EzDrop 1000 DNA樣本測(cè)量界面
3 如何質(zhì)控片段完整性?
核酸樣本不僅需要測(cè)量濃度(總量),片段完整性也是評(píng)判樣本質(zhì)量的關(guān)鍵點(diǎn),因此還需對(duì)樣本完整性進(jìn)行質(zhì)控。Qsep系列全自動(dòng)核酸蛋白分析系統(tǒng)是核酸樣本完整性質(zhì)控的不二選擇。
Qsep系列全自動(dòng)核酸蛋白分析系統(tǒng)
DNA片段完整性質(zhì)控 Qsep軟件具有基因組DNA質(zhì)量評(píng)分值(DQN)系統(tǒng),可以高效地評(píng)估gDNA的質(zhì)量。數(shù)據(jù)分析軟件會(huì)根據(jù)樣本的降解程度以及該樣本高于設(shè)定閾值部分的占比,給出0到10之間的DQN值,DQN值越高說(shuō)明樣本完整性越好,即樣本質(zhì)量越高。
不同質(zhì)量gDNA樣本DQN值比較
RNA片段完整性質(zhì)控 由于RNA酶廣泛存在,RNA樣品十分容易發(fā)生降解,而RNA的降解會(huì)直接導(dǎo)致下游實(shí)驗(yàn)的失敗。因此,RNA樣本完整性質(zhì)控顯得更為重要。
對(duì)于降解程度比較低的Total RNA樣本(例如血液、新鮮組織提取的RNA),Qsep軟件具有RNA質(zhì)量評(píng)分值(RQN)系統(tǒng),軟件會(huì)根據(jù)18s和28s的完整性以及峰面積比,給出1到10之間的RQN值,RQN值越高說(shuō)明樣本完整性越好,即樣本質(zhì)量越高。
不同質(zhì)量Tatol RNA樣本RQN值比較(血液提?。?/strong>
對(duì)于降解程度比較嚴(yán)重的Total RNA樣本(例如FFPE提取的RNA),通常18s和28s基本完全降解,因此不適合用RQN值來(lái)評(píng)判這類(lèi)樣本的質(zhì)量。針對(duì)這類(lèi)樣本,Qsep軟件具有另一個(gè)RNA質(zhì)量評(píng)分值DV200,即樣本中大于200nt部分的占比數(shù)。DV200值越高,說(shuō)明樣本降解程度越低,即樣本質(zhì)量越高。
不同質(zhì)量Tatol RNA樣本DV200值比較(FFPE提取)
綜上所述,EzDrop 1000超微量分光光度計(jì)搭配Qsep系列全自動(dòng)核酸蛋白分析系統(tǒng),可以完美做到核酸樣本的濃度、純度以及完整性全方位質(zhì)控,使分子實(shí)驗(yàn)再無(wú)后顧之憂。