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快試試全自動DNA凝膠回收，會有意想不到的收獲！
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作者:201321492800086
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發(fā)布時間: 429天前
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導讀
在進行分子生物學實驗時，我們經(jīng)常從眾多的分子片段中篩選出目的片段的核酸，從而進行后續(xù)的實驗研究。最經(jīng)典的方案是，使核酸在電場的作用下在瓊脂糖凝膠中發(fā)生分離，然后在紫外光的照射下切取目的片段處的凝膠，進而純化回收核酸。從瓊脂糖凝膠中回收核酸，雖然是一項簡單常規(guī)實驗操作，但是也會存在很多因素影響膠回收的質量( 回收產物的純度和濃度等)和DNA含量，進而直接影響后續(xù)的一系列實驗的進行，比如：PCR擴增、酶切連接、轉化篩選、測序、標記乃至顯微注射等。因此DNA凝膠回收這一步的操作也顯得非常重要。
在載體構建的過程中，無論是通過酶切還是PCR擴增方法獲得的目的片段，其中都可能會存在引物、非特異性擴增片段等干擾項。如下圖1實驗，分別采用全自動核酸片段回收系統(tǒng)和磁珠純化的方法去除非目標片段，隨后進行連接、轉染，實驗結果表明，采用全自動核酸片段回收系統(tǒng)，獲得的單克隆抗體的陽性率達到92%，磁珠純化的方法，獲得的單克隆抗體的陽性率只有29%。
在高通量測序文庫構建過程中，打斷樣本及文庫樣本的片段篩選是非常重要的一步。如圖2所示，分布較為彌散的超聲打斷樣本經(jīng)過全自動核酸片段回收系統(tǒng)篩選回收后，可以精準富集500-700bp的目的片段。如圖3所示，文庫樣本經(jīng)過回收后，可以完全去掉引物及接頭殘留，并去除文庫兩端的大片段和小片段，以保證獲得測序儀下機的高質量數(shù)據(jù)。
圖2 打斷樣本回收前（紅色）后（藍色）對比
圖3 文庫樣本回收前（紅色）后（藍色）對比
在Nanopore三代測序中，文庫片段的篩選回收同樣是非常重要的一步。如下實驗，分別將經(jīng)過片段篩選回收和未進行片段篩選的文庫樣本進行上機測序。結果表明，同一樣本在相同時間內產生的數(shù)據(jù)量相差20GB，且經(jīng)過片段篩選的樣本獲得的讀長更長，顯著提高了測序的效率。
在腫瘤研究或產前診斷方向，游離DNA一直是科研工作者重點關注的一類樣本。近年來許多研究表明ctDNA和cfDNA的片段長短存在差異，來自腫瘤/胎兒細胞的ctDNA比來自正常/母體細胞的cfDNA（~166 bp）更短，為132~145 bp。來自正常組織/器官的游離DNA數(shù)量遠遠超過了來自早期腫瘤、胎兒的游離DNA?；诖颂匦?，在對游離DNA文庫上機測序前，通過全自動核酸回收系統(tǒng)對ctDNA文庫篩選富集，盡量減少cfDNA文庫占比，可以顯著提高ctDNA的信號值，得到更多有效數(shù)據(jù)。 圖5 游離DNA文庫樣本回收前（紅色）后（藍色）對比 與傳統(tǒng)的手動切膠回收相比，LightBench?全自動核酸電泳回收分析系統(tǒng)減少了繁瑣的凝膠制備、上樣、DNA電泳分離、目的條帶切割回收等操作步驟，可實現(xiàn)目的核酸片段的精準回收，而且具有更高的回收率、準確性和可重復性。此外，該系統(tǒng)還兼具電泳分析和熒光濃度測定的功能。 快來添加厚澤生物官方微信18969902260或者官方電話0571-81060645了解更多信息吧！ 關于厚澤 杭州厚澤生物科技有限公司于2013年成立，是一家集科學儀器、耗材、試劑的銷售、推廣和售后服務為一體的高科技生物企業(yè)。公司成立之初，致力推廣NGS質檢的國產化儀器——Qsep全自動核酸蛋白分析系統(tǒng)，后與中國臺灣光鼎在江蘇成立合資公司江蘇光鼎，完成了NGS質檢儀器國產化生產。又先后與多個著名生物技術產品制造商達成合作，提高了代理產品豐富度，建立了完整的產品體系與服務體系。 公司主要代理的品牌及產品包括： 1. Qsep系列全自動核酸蛋白分析系統(tǒng) 2. INB-D200 生物標志物檢測分析儀 3. iCATCHER 12全自動核酸提取儀 4. Lightbench?全自動核酸電泳分析回收系統(tǒng) 5. EzMate自動移液工作站 6. EzDrop 1000C超微量分光光度計 7. CS系列非接觸式聚焦超聲樣本系統(tǒng) 歡迎聯(lián)系我們 電話: 0571-81060645 Email: hz@houzebio.com
