服務(wù)熱線：0571-81060645??
資訊中心
NEWS CENTER
資訊中心
ctDNA檢測“放大鏡”
來源:
|
作者:201321492800086
|
發(fā)布時間: 783天前
|
1023 次瀏覽
|
分享到:
cfDNA（cell free DNA）指存在于人體血液循環(huán)中的、游離于細胞外的高度片段化DNA。在特定情況下（如腫瘤患者、孕婦、接受器官移植的患者等），一小部分來自“異源性”細胞的cfDNA（如腫瘤細胞、胎兒細胞、或供體細胞）可以作為基因檢測的標志物。在1977年，Leon等人就發(fā)現(xiàn)，腫瘤患者的血漿游離DNA水平要明顯高于健康人群[1]；cfDNA中腫瘤細胞釋放出來的腫瘤特有突變的那一小部分DNA也稱為ctDNA。研究發(fā)現(xiàn)，在腫瘤患者中，腫瘤來源的ctDNA要短于背景cfDNA，利用該特征，如果對cfDNA進行片段篩選，能提高檢測的靈敏度。[2]
LightBench全自動核酸片段回收系統(tǒng)能實現(xiàn)不同片段大小的核酸的全自動富集回收?；贚ightBench的這一功能，可以對游離DNA進行片段篩選，提高檢測的靈敏度。2020年，其與labcrop合作AACR上發(fā)表了題為《Size selection of cell-free DNA increases the proportion of tumor specific variants in cancer patients》的應(yīng)用文獻，表明通過片段篩選后，可以將ctDNA的信號值平均提升了44%。
實驗從46個健康人和22個癌癥患者中正常提取cfDNA，其中正常人cfDNA的長度中位數(shù)在169bp，癌癥患者的片段中位數(shù)為165bp，未表現(xiàn)出顯著差異。
圖1 片段篩選前后健康人群和癌癥患者的cfDNA長度
使用LightBench對片段進行回收，設(shè)定回收大小為145bp(±15bp),回收后的正常人cfDNA的片段中位數(shù)為129bp，而腫瘤患者的片段中位數(shù)在120bp。
再將篩選前后的cfDNA進行建庫測序，通過數(shù)據(jù)分析獲得變異拷貝數(shù)(CNAs)。
圖2 片段前后CNAs的AUC比率
如圖2所示，AUC比率=1表示片段篩選后CNA檢測無差異。AUC比率>1表示片段篩選后CNA的信號增加。AUC比率<1表示片段篩選后CNA的信號下降。當評估來自健康患者的cfDNA時，平均AUC比率為1.04，與在健康人群未做片段篩選前一致。然而，癌癥患者中可檢測到CNA的AUC比率為1.97，說明篩選后CNA的檢測信號增加。
文章還對不同大小的截止片段對檢測信號的影響做了研究。綜合多個研究，本篇文章驗證了通過片段篩選可以提升cfDNA的檢測陽性信號，可以通過降低無效測序數(shù)據(jù)量來降低檢測成本。
此外LightBench還可以在三代測序流程中應(yīng)用，可以用于Pacbio 10k文庫的片段篩選，如下表所示，平均回收率可達80%以上，多次篩選，回收率穩(wěn)定。
表1 不同投入量下Pacbio 10k 文庫的回收率
（*濃度測定使用Qubit 4.0）
另外針對Nanopore 測序用戶，由于系統(tǒng)芯片為生物活性的蛋白納米孔這個原理的限制，初始樣品純度在很大程度上決定了測序結(jié)果準確性。使用LightBench對樣品進行片段篩選后建庫，不僅會提升測序讀長，還會提升儀器的數(shù)據(jù)量產(chǎn)出和芯片再次利用率。
LightBench采用Ranger專利技術(shù)進行全自動凝膠電泳，可實現(xiàn)一次自動回收1-12個樣品，不浪費試劑耗材，DNA回收率80%以上。同時兼容漢密爾頓機器人液體處理裝置，可實現(xiàn)自動化96個樣品的回收，幫助用戶提升工作效率，簡化工作流程，快速實現(xiàn)高通量核酸分析及核酸片段回收。
圖3 LightBench全自動核酸電泳分析回收系統(tǒng)
另外儀器附加片段檢測和熒光濃度測定功能，可以最快在20分鐘內(nèi)完成96個樣品電泳檢測，熒光濃度定量范圍為0.2ng/ul-100ng/ul。峰圖跟濃度的結(jié)合可以更好地運用于二代測序中文庫質(zhì)控的濃度均一化。
杭州厚澤生物作為Light Bench中國地區(qū)指定經(jīng)銷商，可以為廣大有需求的用戶提供銷售、推廣和售后三位一體的服務(wù)，期待進一步推進業(yè)內(nèi)核酸研究與檢測領(lǐng)域的發(fā)展！
[1].Leon, S. A., Shapiro, B., Sklaroff, D. M. & Yaros, M. J. Free DNA in the serum of cancer patients and the effect of therapy. Cancer Res. 37, 646–650 (1977)
關(guān)于厚澤———
杭州厚澤生物科技有限公司于2013年成立，是一家集科學(xué)儀器、耗材、試劑的銷售、推廣和售后服務(wù)為一體的高科技生物企業(yè)。公司成立之初，致力推廣NGS質(zhì)檢的國產(chǎn)化儀器——Qsep全自動核酸蛋白分析系統(tǒng)，后與中國臺灣光鼎在江蘇成立合資公司江蘇光鼎，完成了NGS質(zhì)檢儀器國產(chǎn)化生產(chǎn)。又先后與多個著名生物技術(shù)產(chǎn)品制造商達成合作，提高了代理產(chǎn)品豐富度，建立了完整的產(chǎn)品體系與服務(wù)體系。
公司主要代理的產(chǎn)品包括：
1. Qsep系列全自動核酸蛋白分析系統(tǒng)
2. INB-D200 生物標志物檢測分析儀
3. Lightbench全自動核酸電泳分析回收系統(tǒng)
4. EzMate自動移液工作站
5. EzDrop 1000超微量分光光度計
6. CS系列非接觸式聚焦超聲樣本系統(tǒng)
歡迎聯(lián)系我們
電話: 0571-81060645，
Email: hz@houzebio.com
